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Bien que nous soyons en contact permanent avec d'innombrables germes de l'environnement dont certains sont pathogènes, les infections que nous développons sont relativement rares. La raison est que l'organisme dispose de multiples moyens de défense dont l'ensemble constitue le système immunitaire. 

L'entrée des germes (bactéries, virus, champignons, parasites...) est d'abord limitée par les barrières biologiques (la peau, et les muqueuses des organes). Si les germes franchisent ces barrières, des cellules immunitaires les reconnaissent comme éléments étrangers et déclenchent des réactions immunitaires pour les éliminer.

Grâce au système immunitaire, on peut guérir de diverses maladies infectieuses (grippe, rougeole, diphtérie, etc.) et de certaines intoxications venimeuses (piqûre de scorpion, morsure de serpent, ...) sans même avoir recours au traitement médical.

Cependant, cette protection de l'organisme est parfois insuffisante ou même déficiente. Ainsi, certaines maladies peuvent entraîner la mort ou laisser des séquelles plus ou moins graves (cécité, surdité, paralysie, etc.) ; ce qui explique la nécessité du recours aux vaccins, aux antibiotiques, etc...

Le système immunitaire peut-être également affaibli par des maladies comme le SIDA. Dans ce cas, l'installation de diverses pathologies fatales se trouve favorisée.

Dans d'autres cas, le système immunitaire, principal protecteur de l'organisme, peut lui-même devenir source de pathologies  appelées allergies. Celles-ci résultent de réactions inadaptées vis-à-vis de certaines substances (pollen, médicaments, poussières, produits chimiques, ...). Cette sensibilité se manifeste par des troubles plus ou moins graves (rougeur, vomissement, asthme, etc.)